La Comisión de Control en Gestión tiene las siguientes atribuciones (Articulo 49 de la Ley Orgánica de la UNAH):
- Asegurar que el anteproyecto del Plan Operativo Anual y del Presupuesto Anual de Ingresos y Egresos de la UNAH, sea elaborado conforme a las políticas y reglamentos en la materia, antes de que el Rector lo someta a la Junta de Dirección Universitaria para su revisión y ésta, a su vez, al Consejo Universitario para su aprobación.
- Vigilar que se cumpla estrictamente la ejecución del presupuesto aprobado por el Consejo Universitario.
- Proponer medidas para el desarrollo y conservación del espacio físico y ambiental de cada campus universitario.
- Proponer políticas y coordinar estudios para lograr que la UNAH pueda recibir fondos por servicios de investigación y educación; aportaciones y donaciones de fuentes de cooperación nacional e internacional.
- Mantenerse en continua comunicación con el Auditor Interno y revisar los informes mensuales y especiales de auditoria.
- Formular y establecer mecanismos para garantizar la transparencia y rendición de cuentas sobre el funcionamiento de la UNAH, de conformidad con lo que establece la Ley Orgánica y sus reglamentos.
- Inventariar el patrimonio de la UNAH y rendir cuentas sobre su uso a la Junta de Dirección Universitaria, de conformidad con lo que establece la Ley y sus reglamentos.
- Supervisar el control de la erogación, recaudación de fondos y valores de la Tesorería General de la UNAH.
- Organizarse internamente para cumplir con sus atribuciones.