Para su desempeño la Comisión de Control de Gestión se encuentra conformada por las siguientes unidades:
- Unidad de Control de Gestión Administrativa y Financiera: responsable de la evaluación de todas las actividades administrativas, financieras, presupuestales.
- Unidad de Control de Gestión Patrimonial, Física y Ambiental: Evaluar el uso racional del patrimonio de la Universidad, constituido por todos sus bienes muebles e inmuebles, tangibles e intangibles.
- Oficina de Acceso a la Información Pública Universitaria: responsable de difundir de oficio y actualizar periódicamente a través de los medios electrónicos o instrumentos computarizados; la información que de acuerdo a la Ley Orgánica de la UNAH y a la Ley de Transparencia y Acceso a la Información Publica, debe ser publicada.
La Comisión de Control de Gestión esta facultada para crear oficinas regionales en los Centros Universitarios Regionales.