Para su desempeño la Comisión de Control de Gestión se encuentra conformada por las siguientes unidades:
- Unidad de Control de Gestión Administrativa y Financiera.
- Unidad de Control de Gestión Patrimonial, Físico y Ambiental
- Unidad de Coordinación, Seguimiento de Planes de Acción y Monitoreo de Gestión de Riesgos
- Oficina de Acceso a la Información Pública Universitaria:
La Comisión de Control de Gestión esta facultada para crear oficinas regionales en los Centros Universitarios Regionales.